Z nazwą Fordon po raz pierwszy spotykamy się w dokumencie erekcyjnym kościoła farnego z 11.09.1349 r., jednakże dokument z 1382 r. przedstawiający prawa miejskie podaje, iż miasto miało nazywać się Wyszogród czyli Hohenburg. W 1413 r. spotykamy się z nazwą ecclesia Vysschegradiensis alias Ffordaniensis, nieco później, w 1443 r. z nazwą Fordan, a już w 1494r. z dzisiejszą nazwą Fordon. Niemniej w XVI w. spotykamy nadal nazwę Fordan, lub też Fordoń. Nazwa miasta pochodzi od angielskiego słowa fordan oznaczającego w dawnej Polsce rodzaj cła rzecznego i podatku wodnego, zwanym także czwartym groszem, który pobierany był na brzegu Wisły ówczesnego Fordonu.

Tożsamość Wyszogrodu z dzisiejszym Fordonem podważano wielokrotnie, lecz nie wchodząc w wartość tradycji, która stale identyfikowała Wyszogród z dzisiejszym Fordonem, trzeba wziąć pod uwagę fakt, że już w 1232 r. stała tu kaplica czy też kościół, że w 1238 r. wymieniony jest proboszcz Jan, że po zniszczeniu grodu w roku 1329 (lub 1330) Kazimierz, książę szczeciński w 1349 r. wybudował nowy kościół, który długi czas nazywany był albo ecclesia Wysogrodiensis albo Fordonensis.

Do XVII w. dzieje miasta Fordonu, z powodu braku źródeł, nie obfitują w ważniejsze wypadki historyczne. W 1617 r. Fordon został doszczętnie zniszczony przez pożar, natomiast w 1655 r. miasto zostało zdobyte i splądrowane przez Szwedów, pozostając pod ich okupacją dwa lata. Po pierwszym rozbiorze Polski, w dniu 05.08.1772 r., Fordon znalazł się pod zaborem pruskim. Manifestem z 13 września 1772 r. Fryderyk II wezwał duchowieństwo, szlachtę, mieszczan i chłopów do złożenia hołdu poddańczego. W tym samym dniu na gmachach publicznych zainstalowano tablice z czarnymi orłami pruskimi, opieczętowano kasy, a ze stanowisk usunięto urzędników polskich. Na hołd poddańczy Fryderyk II musiał czekać jednak trzy lata, gdyż dopiero 22.05.1775 r. w Inowrocławiu, hołd w imieniu mieszkańców Fordonu złożyli Wojciech Jastrzębski, Józef Spongowicz oraz Antoni Zakrzewski wraz z duchowieństwem dekanatu fordońskiego. W roku 1806 uwolniony od prusaków Fordon włączony został w obręb Księstwa Warszawskiego lecz już 15.05.1815 r. w wyniku postanowień Kongresu Wiedeńskiego (IV rozbiór Polski) Fordon wrócił pod władzę pruską, aż do 1920 r.

Pierwsze dane dotyczące mieszkańców Fordonu pochodzą z 1583 r., kiedy to Fordon zamieszkiwało około 200 osób, natomiast w 1663 r. około 470. W drugiej poł. XVI w. powstała w Fordonie gmina żydowska. W 1674 r. zanotowano 271 mieszkańców, w tym 216 chrześcijan i 55 Żydów. W ciągu następnego stulecia liczba ludności wzrosła trzykrotnie. W 1772 r. Fordon liczył 861 mieszkańców, z tego 559 osób stanowili Żydzi. W 1781 r. Fordon liczył 254 katolików, 200 niekatolików i 500 Żydów co daje ogólną liczbę 954 mieszkańców. Na początku XIX w. Fordon wyznaczony został na miejsce osiedlania się Żydów z okręgu bydgoskiego, tym samym Fordon zaczął nabierać coraz bardziej charakteru żydowskiego, tracił swą polskość i katolickość. Fordońscy Polacy powoli, ale stale, tracili swoje znaczenie tak polityczne, jak i gospodarcze oraz byli szykanowani ze względu na wiarę katolicką. Wszystkie większe przedsiębiorstwa znajdowały się w obcych rękach. W 1816 r. na terenie miasta znajdowało się około 368 katolików, 307 ewangelików i 1082 Żydów. W 1831 r. w 195 domostwach zamieszkiwało 270 ewangelików, 262 katolików i 1473 Żydów.

W połowie XIX w. gwałtownie wzrosła liczba mieszkańców narodowości niemieckiej z 291 w roku 1831 do 1031 osób w 1855 r. W 1871 r. Fordon zamieszkiwało 1940 mieszkańców w tym 851 ewangelików, 498 katolików, 23 chrześcijan niezdeklarowanych, 468 Żydów oraz 514 analfabetów. W 1875 r. Fordon liczył 2046 mieszkańców, natomiast w 1880 r. 1580 katolików, nie licząc więzienia, gdzie bywało około 240 osób. Mimo, iż w 1888 r. fordońskim Żydom przyznano religijną i polityczną autonomię, pod koniec XIX wieku problem żydowski zaczął maleć. Po chwilowym wzroście miał miejsce znaczny spadek obywateli tegoż pochodzenia. Po pierwszej wojnie światowej było ich poniżej 100 osób.